Het gebruik van water om dieren te genezen en te revalideren gaat terug tot de oudheid. De oude Grieken en Romeinen gebruikten zeewater om paarden te behandelen en om verwondingen bij militaire dieren te genezen. In de afgelopen decennia heeft hydrotherapie voor dieren zich ontwikkeld tot een belangrijk onderdeel van dierenrevalidatie en fysiotherapie. Moderne hydrotherapie voor honden werd in de jaren 1980 geïntroduceerd in het Verenigd Koninkrijk en de Verenigde Staten en heeft zich sindsdien over de hele wereld verspreid. Tegenwoordig zijn er gespecialiseerde hydrotherapiefaciliteiten, met onderwater loopbanden, whirlpools en zwembaden, met verschillende soorten apparatuur om de voordelen van de therapie te maximaliseren.